കോട്ടയം പുന്നത്തുറയിലെ കൊങ്ങാണ്ടൂർ ഗ്രാമത്തിൽ പെരുന്തോട്ടം കുടുംബത്തിൽ ജോസഫ്- അന്നമ്മ ദന്പതികളുടെ മകനായി 1948 ജൂലൈ അഞ്ചിന് ജനിച്ചു. തികച്ചും സാധാരണ കർഷക കുടുംബത്തിൽ ജനിച്ച് പൗരോഹിത്യ ശുശ്രൂഷയുടെ മേൽപ്പട്ടപദവിയിലെത്തിയ മാർ പെരുന്തോട്ടം ലാളിത്യവും വിനയവും നിറഞ്ഞ ആധ്യാത്മിക പിതാവാണ്. സഭാസ്നേഹിയായ അദ്ദേഹം ദൈവശാസ്ത്രത്തിലും സഭാ ചരിത്രത്തിലും അഗാധപണ്ഡിതനുമാണ്.
കൊങ്ങാണ്ടൂർ സെന്‍റ് തോമസ് എൽപി സ്കൂൾ, പുന്നത്തുറ സെന്‍റ് ജോസഫ് ഹൈസ്കൂൾ, ചങ്ങനാശേരി എസ്ബി കോളജ് എന്നിവിടങ്ങളിലായിരുന്നു പഠനം. പാറേൽ മൈനർ സെമിനാരി, വടവാതൂർ സെന്‍റ് തോമസ് അപ്പസ്തോലിക് സെമിനാരി എന്നിവിടങ്ങളിലായിരുന്നു വൈദികപരിശീലനം. 1974 ഡിസംബർ 18ന് ആർച്ച്ബിഷപ് മാർ ജോസഫ് പവ്വത്തിലിൽ നിന്നു പൗരോഹിത്യം സ്വീകരിച്ചു. കെനകരി, പുളിങ്കുന്ന് പള്ളികളിൽ അസിസ്റ്റന്‍റ് വികാരിയായും കൊടിനാട്ടുംകുന്ന്, പൊങ്ങ സ്ലീവാപുരം പള്ളികളിൽ വികാരിയായും ശുശ്രൂഷ ചെയ്തു.
അതിരൂപതാ മതബോധന കേന്ദ്രമായ സന്ദേശനിലയത്തിന്‍റെ ഡയറക്ടറായി നിയമിതനായ ഫാ.ജോസഫ് പെരുന്തോട്ടം സിഎൽടി ഉൾപ്പെടെ പരിശീലന പരിപാടികൾക്കും നവീന പഠനപദ്ധതികൾക്കും തുടക്കം കുറിച്ചു. റോമിലെ ഗ്രിഗോറിയൻ സർവകലാശാലയിൽനിന്നും 1989ൽ സഭാചരിത്രത്തിൽ ഡോക്ടറേറ്റ് നേടി. തുടർന്ന് വടവാതൂർ സെമിനാരിയിൽ പ്രഫസറായി നിയമിതനായി. ചങ്ങനാശേരിയിൽ അല്മായർക്കായി ദൈവശാസ്ത്രപഠന കേന്ദ്രമായ മാർത്തോമ്മാ വിദ്യാനികേതന് തുടക്കം കുറിച്ചത് അദ്ദേഹമാണ്. ദീർഘകാലം വിദ്യാനികേതന്‍റെ ഡയറക്ടറായും സേവനമനുഷ്ഠിച്ചു.
2002 ഏപ്രിൽ 24ന് ചങ്ങനാശേരി അതിരൂപതയുടെ സഹായമെത്രാനായി നിയമിതനായി. മേയ് 20ന് മെത്രാഭിഷേകം നടന്നു. 2007 മാർച്ച് 19 ന് അതിരൂപതയുടെ നാലാമത്തെ മെത്രാപ്പോലീത്തയായി ഉയർത്തപ്പെട്ടു.
കെസിബിസി വൈസ് പ്രസിഡന്‍റായിരുന്ന മാർ ജോസഫ് പെരുന്തോട്ടം മെത്രാപ്പോലീത്ത വടവാതൂർ പൗരസ്ത്യ വിദ്യാപീഠം വൈസ് ചാൻസലർ, വടവാതൂർ സെമിനാരി സിനഡൽ കമ്മീഷൻ ചെയർമാൻ എന്നീ നിലകളിൽ പ്രവർത്തിക്കുന്നു. രാവിലെ 6.15ന് ആർച്ചുബിഷപ്പ്സ് ഹൗസിലെ ചാപ്പലിൽ കൃതജ്ഞതാബലി അർപ്പിക്കും.
എഴുപതാം ജന്മദിനമായ നാളെ പ്രത്യേക ആഘോഷങ്ങളില്ല പകരം സപ്തതി സ്മാരകമായി അമ്പൂരി, കൊല്ലം-ആയൂർ, തിരുവനന്തപുരം ഫൊറോനകൾ ഉൾപ്പെടുന്ന തെക്കൻ മേഖലകളിൽ ഭവനരഹിതർക്ക് 70 വീടുകൾ നിർമിച്ചുനൽകും.
2019 ഏപ്രിലിൽ പൂർത്തീകരിച്ച് മേയ് 20ന് അമ്പൂരിയിൽ നടക്കുന്ന അതിരൂപതാദിന സമ്മേളനത്തിൽ താക്കോൽദാനം നിർവഹിക്കത്തക്കവിധത്തിലാണ് പദ്ധതി വിഭാവനം ചെയ്യുന്നത്. ആറുലക്ഷം രൂപ ചെലവുവരുന്ന വീടുകളാണ് നിർമിക്കുന്നത്. തെരഞ്ഞെടുക്കപ്പെടുന്ന കുടുംബത്തിന് അമ്പതുശതമാനം തുക പദ്ധതിയിൽനിന്നും സഹായധനമായി നൽകും. 25ശതമാനം ഗുണഭോക്താക്കളും 25ശതമാനം അതാത് ഇടവകകളും നൽകണം. വിവിധ ഇടവകകളിൽ നിന്നും സന്നദ്ധതയുള്ള വ്യക്തികളിൽ നിന്നും ധനസമാഹരണം നടത്താനാണ് തീരുമാനം. സഹായമെത്രാൻ മാർ തോമസ് തറയിലിന്‍റെ നേതൃത്വത്തിലുള്ള സമിതി പദ്ധതിക്ക് മേൽനോട്ടം വഹിക്കും.
